Dos de los diez árbitros elegidos para oficiar en la Copa FIFA Confederaciones Sudáfrica 2009 han tenido que regresar a casa, incluso antes de que empiece el torneo. La decisión fue adoptada después de que se sometieran a una prueba de condición física para evaluar su velocidad y resistencia el 4 de junio en Johannesburgo. Si bien es cierto que los resultados en general fueron muy buenos, dos árbitros sufrieron lesiones que les impidieron terminar las pruebas. Cabe mencionar que estos diez colegiados forman parte de la lista de candidatos para la Copa Mundial de la FIFA 2010.

Los dos árbitros que no pudieron terminar las pruebas debido a lesión fueron Carlos Batres (Guatemala), quien sufrió una distensión en la pantorrilla derecha, y Carlos Amarilla (Paraguay), quien padeció un desgarro del músculo de la corva de su pierna derecha.

Uno de los principales objetivos de la FIFA es mejorar la calidad del arbitraje, y, con esto en mente, la Comisión de Árbitros de la FIFA seleccionó tríos de oficiales de partido provenientes del mismo país o confederación y que hablasen el mismo idioma. Las instrucciones que se impartieron a los árbitros antes de la competición fueron claras con respecto a que los tríos tendrían que abandonar el torneo en caso de que uno de sus integrantes no terminase o no superase la prueba de condición física.

Por consiguiente, los siguientes tríos no podrán arbitrar en la Copa FIFA Confederaciones Sudáfrica 2009:

- Árbitro: Carlos Batres (Guatemala) + árbitros asistentes: Leonel Leal (Costa Rica)/Carlos Pastrana (Honduras)

- Árbitro: Carlos Amarilla (Paraguay) + árbitros asistentes: Emigdio Ruiz (Paraguay)/Nicolás Yegros (Paraguay)

Los reemplazantes de estos oficiales de partido provendrán de la misma confederación y de la lista de candidatos para la Copa Mundial de la FIFA 2010, y su nombramiento se confirmará próximamente.