La Comisión de Ética de la FIFA, de carácter independiente, es uno de sus órganos judiciales. Su responsabilidad principal es investigar las posibles violaciones del Código Ético de la FIFA. En 2012, se dividió en dos órganos: el órgano de instrucción y el órgano de decisión.

La Comisión de Ética se creó en 2006, pero su estructura actual se basa en el proceso de reformas llevado a cabo por la Comisión Independiente de Gobernabilidad entre 2011 y 2013. Muchos de los miembros actuales de la Comisión de Ética fueron elegidos de manera oficial en el 63.er Congreso de la FIFA celebrado el 31 de mayo de 2013. Desde entonces, se ha ido eligiendo a otros miembros en posteriores congresos.

El Código Ético de la FIFA, ratificado por el Comité Ejecutivo de la FIFA y por el Congreso de la FIFA, constituye la base de todas las actuaciones y los fallos de la Comisión de Ética. Esta comisión impone las sanciones estipuladas en los Estatutos, el Código Ético y el Código Disciplinario a aquellos oficiales, jugadores, intermediarios y agentes de partidos que violen el Código Ético de la FIFA. Su aplicación se centra en comportamientos y actitudes en el seno del fútbol que guardan escasa o ninguna relación con acciones en el terreno de juego.

La Comisión de Ética consta de un órgano de instrucción y un órgano de decisión, ambos formados por miembros independientes. Sus presidentes, sus vicepresidentes y el resto de sus miembros son elegidos por el Congreso por un mandato cuatrienal. De conformidad con los Estatutos de la FIFA, el presidente y el vicepresidente de cada uno de los órganos no podrán tener relación organizativa o económica alguna con la FIFA, ya sea esta directa o a través de un familiar directo. El resto de miembros de la Comisión de Ética, así como sus familiares directos, no deberán pertenecer a ningún otro órgano judicial, ni al Comité Ejecutivo ni a ninguna comisión permanente de la FIFA. Los miembros de la Comisión de Ética son totalmente independientes a la hora de instruir y dirigir las actuaciones y adoptar las decisiones.

La Secretaría General de la FIFA aporta tanto al órgano de instrucción como al de decisión una secretaría y el personal necesario.