El Campeonato Asiático Sub-16 se disputó en Uzbekistán del 4 al 19 de octubre de 2008. Los clasificados para Nigeria 2009 son Irán, Japón, República de Corea y Emiratos Árabes Unidos.

El VIII Campeonato Africano Sub-17 se celebra en Argelia del 19 de marzo al 3 de abril de 2009. Los cuatro semifinalistas se clasificaron para la Copa Mundial Sub-17 de la FIFA Nigeria 2009: Gambia, Argelia, Malaui y Burkina Faso. Nigeria, anfitriona, ya estaba clasificada.

El Campeonato Europeo Sub-17 2008/09 es valedero como competición de clasificación para la Copa Mundial Sub-17 de la FIFA 2009. La ronda final comenzó a disputarse en Alemania el 6 de mayo de 2009 y se extenderá hasta el 18 de del mismo mes. Cumplida la fase de grupos, las sies plazas disponibles quedaron en manos de Alemania, Países Bajos, Suiza, Italia, España y Turquía.

La clasificación se disputó en México en abril de 2009, y estuvo compuesta por dos grupos de cuatro equipos cada uno. Los dos primeros de cada grupo se clasificaron automáticamente para el Mundial: México, Estados Unidos, Costa Rica y Honduras. La fase final del certamen se suspendió a causa del brote de gripe porcina en la región.

El Campeonato Sub-17 de la OFC se disputó en Auckland (Nueva Zelanda), del 20 al 24 de abril de 2009, en un cuadrangular en el que participaron Nueva Zelanda, Tahití, Nueva Caledonia y Vanuatu. Los neozelandeses se hicieron con el boleto al mundial tras imponerse en sus tres partidos sin recibir ni un sólo gol y anotando siete.

La competición de clasificación se celebró en Iquique (Chile) entre el 17 de abril y 8 de mayo de 2009, y definió las clasificaciones de Brasil (campeón), Argentina (subcampeón), Colombia (tercero) y Uruguay (cuarto) para la Copa Mundial Sub-17 de la FIFA.

El país anfitrión tiene una plaza adjudicada automáticamente.