El Campeonato Sub-19 de la AFC celebrado en Arabia Saudí del 31 de octubre al 14 de noviembre de 2008 deparó cambios con respecto a los clasificados asiáticos del último Mundial Sub-20 disputado. Para la fase final de la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA Egipto 2009 sólo repite la República de Corea, que estará acompañada por Emiratos Árabes Unidos, Uzbekistán y Australia.

La fase final del XVI Campeonato Juvenil Africano se celebró en Ruanda del 18 de enero al 1 de febrero de 2009.
El campeón Ghana, junto al subcampeón Camerún y los semifinalistas, Nigeria y Sudáfrica, logran la clasificación para la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA Egipto 2009.

El Campeonato Sub-19 Europeo 2007/08 era también valedero como competición de clasificación para la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA 2009. La última ronda se disputó en la República Checa del 14 al 26 de julio de 2008.
Los equipos que alcanzaron los tres primeros puestos de cada grupo estarán en Egipto 2009.

Costa Rica se impuso a EEUU en la final de la competición de clasificación de la zona que se disputó del 6 al 15 de marzo de 2009 en Trinidad y Tobago. Honduras y los anfitriones del torneo fuero los semifinalistas, y completaron el cuarteto que representará a la CONCACAF en Egipto 2009.

Tahití acogió el Campeonato Sub-20 de la OFC en el que los anfitriones compitieron con Nueva Caledonia, Fiyi y Nueva Zelanda en un torneo con sistema de liguilla del 13 al 17 de diciembre de 2008 en Papeete. Los tahitianos fueron los campeones con dos victorias y un empate, y sellaron así el billete de representación oceánica en la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA Egipto 2009.

El Sudamericano se disputó entre el 19 de enero al 8 de febrero de 2009 en Venezuela. Los clasificados para Egipto son Brasil, campeón regional por décima vez en su historia, Paraguay, Uruguay y Venezuela. Argentina, hexacampeona mundial, no podrá revalidar el título logrado en Canadá 2007 al terminar en el último lugar de la fase final.

El país anfitrión tiene una plaza adjudicada automáticamente.