Italia 90 también atrajo en su fase preliminar a más de un centenar de participantes, aunque el total definitivo fue ligeramente inferior. El primer encuentro de clasificación se produjo, como de costumbre, en la zona del Caribe, donde Trinidad y Tobago derrotó a Guyana por 4-0 el 17 de abril de 1988.

Casualmente, también estaría presente Trinidad y Tobago en el último partido de la ronda preliminar, doce meses más tarde. La selección insular, que tenía a su alcance un puesto en la Copa Mundial de la FIFA, perdió frente a Estados Unidos en Puerto España. El único tanto del partido lo marcó Paul Caligiuri y sirvió para darle al equipo norteamericano su primera presencia en 40 años. Costa Rica, bajo la dirección de Bora Milutinovic, se hizo con la otra plaza de la CONCACAF (donde Méjico no pudo participar por sanción).

La fase de clasificación en Sudamérica estuvo empañada por un incidente desagradable: en medio del partido entre Brasil y Chile, una bengala fue a caer cerca del guardameta chileno Rojas y éste simuló una lesión. Su selección se negó a seguir jugando (en ese momento iba perdiendo por un gol). Pero el portero no tardó en ser descubierto y, como resultado, se aplicó una larga suspensión a todos los implicados y se expulsó a Chile del torneo de 1994. Además de Brasil, Uruguay y Colombia (por primera vez desde 1962) completaron la presencia suramericana en Italia. Los colombianos accedieron a través de una eliminatoria contra Israel, en cuyos dos partidos sólo se registró un gol. Israel había encabezado un grupo en el que estaban los representantes de Oceanía, Australia y Nueva Zelanda.

El reparto de las selecciones europeas se hizo esta vez en cuatro grupos de cinco equipos y en tres grupos de cuatro. Pasaban los dos primeros de cada grupo, excepto el peor segundo de los grupos de cuatro. Una derrota en su último partido, contra Rumania, colocó a Dinamarca en esta desgraciada tesitura, con lo que el torneo se vio privado de la que fue una de las formaciones más atractivas en la cita de 1986. A Inglaterra y a la RFA les bastó con quedar segundos de sus respectivos grupos. Hubo pocas sorpresas más, si exceptuamos el caso de Francia. Un 1-1 frente a Chipre en Nicosia, el 22 de octubre de 1988, le persiguió durante el resto de la clasificación y acabó favoreciendo a Escocia, que terminó con un punto más en la tabla final.

La habitualmente interminable fase preliminar africana vio cómo Egipto se clasificaba por primera vez desde 1934, junto a Camerún (que había acabado invicto en España 1982). En Asia, al cabo de una ronda final que midió a seis selecciones con las fuerzas extraordinariamente igualadas, tanto la República de Corea como Emiratos Árabes Unidos salieron invictos. Esta última selección tuvo suficiente con un triunfo y cuatro empates para clasificarse.