35 equipos, 3.5 lugares
Los ganadores de las 12 series de la segunda ronda avanzaron a la tercera fase, donde se dividen en 3 grupos de 4 equipos cada uno, enfrentándose en sistema de liguilla (todos contra todos en partidos de ida y vuelta).

Los tres primeros y segundos de cada grupo afrontarán un hexagonal final en sistema de liguilla. Tres de ellos conseguirán un lugar directo en la máxima competencia de 2010, mientras que otro tendrá que afrontar una repesca posterior.