Marcel Desailly capitaneó a su país hasta dos títulos de la Copa Confederaciones, en 2001 y 2003, y en el total de estos dos torneos disputó ocho partidos sin conocer la derrota. El campeón del mundo y de Europa solamente se perdió un encuentro en 2001, cuando el entonces seleccionador de Les Bleus, Roger Lemerre, decidió hacer rotaciones, y Desailly no formó parte de la alineación en la única derrota de Francia en aquella edición, contra Australia.

Dos años después, los para entonces campeones del mundo revalidaron el título de la Copa Confederaciones en su propio país con un pleno de victorias en los cinco partidos disputados, y Desailly lideró al equipo en cuatro de esos encuentros.

Desailly ganó numerosos trofeos a lo largo de una carrera en la que jugó 116 partidos y marcó tres goles con la selección nacional, uno de los cuales otorgó a los suyos la victoria contra Brasil en la semifinal de la Copa Confederaciones de 2001.