El central recaló a los once años en las categorías inferiores del Sporting de Lisboa, pero sólo llegó a jugar en el equipo filial. En 2005, ya con 22 años, debutó en la máxima categoría del fútbol portugués con el Vitória de Setúbal. Fue entonces cuando el Benfica decidió hacerse con sus servicios, pero el club optó por cederlo, entre otros, al Crystal Palace, de la segunda división inglesa, en 2007. El equipo inglés decidió ficharlo en 2008.

Entre 2010 y 2017, José Fonte defendió los colores del Southampton FC. Allí ascendió desde la tercera división inglesa hasta la Premier League, campeonato en el que debutó en 2012. Poco después, fue nombrado capitán del equipo. El zaguero portugués fichó por el West Ham United en enero de 2017.

Fonte jugó con la selección sub-21 de su país, pero tuvo que esperar hasta octubre de 2014 para disputar su primer partido con la absoluta. Tenía 30 años. Fue en un encuentro de clasificación para la Eurocopa, torneo en el que acabó jugando cuatro partidos y fue titular en la final.

"Queremos ganar la Copa Confederaciones, pero nuestro objetivo principal es el Mundial del año que viene. Eso sería aún más grande que el título en la Eurocopa. Pero vayamos paso a paso, porque primero queremos ganar la Copa Confederaciones", dijo Fonte.